에니어그램의 발생은 고대 근동 지방(아프가니스탄)에서 약 2,500년 전에 존재했던 것으로 추측된다. 대략 10세기를 전후해서 이슬람교 신비주의 수도승인 수피파에 의해서 구전으로 전해져오면서 비장(秘藏)되어 일반인에게는 알려지지 않았다.

서구 세계에 알려지게 된 것은 러시아 모스크바 서클(Moskva circle)의 정신적 지도자 이바노비치 구르지예프(George Ivanovich Gurdjieff, 1872 - 1949)에 의해서였고 그것이 미국과 유럽 쪽으로 전파되었다. 구르지예프의 제자인 우스펜스키는 미국으로 건너가 에니어그램을 보급시키었고, 인도의 예수회 신부, 수사들을 통해 에니어그램은 인간이해를 통한 상담과 영성지도 등, 세미나를 통해 활발히 보급, 활용되었다.

현대의 에니어그램은 정신과 의사인 오스카 이차조(Oscar Icazo)와 클라오디오 나란조(Claudil Naranzo)에 의해 현대 심리학이 깊이 가미되었다.
오스카 이차조는 에니어그램과 성격유형을 결합하였고, 클라우디오 나란조는 성격 유형을 이해하기 위해서 여러 사람들에게 이야기를 나누고 그 유형의 특정한 느낌을 공유하는 방법으로 에니어그램을 대중적으로 확산하는 계기를 마련하였다.

또한 돈 리차드 리소(Don Richard Riso)는 각 유형의 발달 수준(Level of Development)을 밝혀내어 에니어그램의 성격유형론적 내용을 심화시켰다.